El yanaconaje tenía muchas ventajas sobre la encomienda: no estaba reglamentado de manera específica y se podía, en consecuencia disponer más libremente de los indios, trasladarlos a otros puntos y ordenarles trabajos a voluntad. La corona fue contraria al sistema y prohibió que se encomendasen yanaconas, estableciendo que al menos se remunerase a los que estuviesen en esa condición. Sin embargo, la institución subsistió y concluida la conquista del Perú los yanaconas quedaron residiendo en las chacras de sus amos.
En los primeros momentos, los conquistadores tomaban como yanaconas a los indios comarcanos de acuerdo con sus necesidades, sin intervención de ninguna autoridad; pero luego hubo una mayor regularidad.
Los yanaconas podían heredarse a diferencia de los encomendados, porque su posesión tenía un sentido más marcadamente patrimonial, mientras los segundos no eran propiedad del encomendero.
Los yanaconas, obligados pro las circunstancias, sirvieron con constancia a sus amos y sintieron que su suerte estaba ligada a ellos, produciéndose un relativo entendimiento que contrasta con la actitud reticente de los indios de encomienda. El fenómeno tiene una clara explicación: al estar lejos de su tierra y de sus comunidades, en un medio extraño sino hostil, las posibilidades de resistir o huir no existían y, en consecuencia, no les quedaba más que compartir la suerte de los conquistadores. Por eso apretaban filas en torno a ellos y luego fueron sus eficaces servidores, con el agrado de que recibían algunos beneficios: botín, mujeres y dádivas la mano de obrase obtenía por medio de las encomiendas, lo que en la práctica generaba una especie de esclavitud ya que la población local era enrolada en duros sistemas de explotación minera que diezmaron considerablemente su número, tanto así que la población disminuyó bruscamente.
